Lowland League được thành lập nhờ sự bầu chọn nhất trí của các thành viên Hiệp hội bóng đá Scotland (SFA) vào ngày 11 tháng 6 năm 2013,[1], và có thời gian dự định một hệ thống bóng đá có sự lên xuống hạng từ các hạng đấu chuyên nghiệp Scotland đến các cấp độ giải trẻ và nghiệp dư.[2] Giải đấu gồm các đội bóng đến từ South of Scotland, East of Scotland và giải đấu trẻ, gặp nhau vào ngày 17 tháng 6 năm 2013 để bầu chọn giữa họ ra những thành viên sáng lập giải đấu mới.[3]

Trong khi hầu hết các câu lạc bộ được mời để nộp đơn gia nhập, Preston Athletic, Spartans và Threave Rovers được tự động lựa chọn vì họ đã đăng ký đầy đủ với SFA.[3] Trong 27 câu lạc bộ quan tâm, Lowland League nhận được 17 đơn đăng ký gia nhập.[4] Sau cuộc họp ngày 17 tháng Sáu, thông báo được đưa ra là sẽ có 12 đội bóng trong giải đấu, và đó là Dalbeattie Star, East Kilbride, Edinburgh City, Gala Fairydean Rovers, Gretna 2008, Preston Athletic, Selkirk, Spartans, Stirling University, Threave Rovers, Vale of Leithen & Whitehill Welfare.[5]

Các mùa giải sau đó chứng kiến sự tăng số đội bóng tham gia. Hai đội bóng Edinburgh University và BSC Glasgow, được chấp nhận gia nhập thi đấu mùa giải 2014–15.[6] Mùa giải sau đó Cumbernauld Colts được tham gia.[7] Civil Service Strollers và Hawick Royal Albert gia nhập giải vào tháng 6 năm 2016.

Mùa giải 2016-17 là lần đầu tiên các đội bóng sáng lập rời giải đấu. Edinburgh City trở thành đội đầu tiên được thăng hạng Scottish League, trong khi Threave Rovers từ chối cơ hội gia nhập lại giải sau khi đứng cuối và xuống chơi ở South of Scotland Football League.[8] Cùng trong mùa giải cũng chứng kiến đội đầu tiên xuống hạng từ Scottish League Two – East Stirlingshire.